Блог про ДНК Тести

FamilyTreeDna підвтердили, що розгортають у себе нове обладнання для секвенціонування ДНК. Це  MGI DNB400 T7 sequencer  Цитата з розісланого адмінам груп повідомлення The integration of our cutting-edge T7 sequencer—while a powerful upgrade for the depth and quality of your results—required some unforeseen adjustments despite careful planning. In addition, minor disruptions to our lab processing contributed to the current backlog.  Our dedicated teams have addressed these issues  to restore the consistent, clockwork processing you rely on. Ще інформація

 Ось, щоб було розуміння, яка велика різниця, коли у нас в Україні дуже мало людей зробили ДНК тест у порівнянні зі США, наприклад. Є популярна Facebook група DNA Detectives , 250К користувачів, в групі люди один одному допомагають розгадувати різні ДНК загадки, типу знайти біологічних батьків і тому подібне. Ось як тестування виглядає для рандомного американця: Шукає людина біологічного батька, зробила ДНК тест на 23&me і найбільші ДНК збіги (тільки з боку ймовірного батька) 12.44%, 7.38%, 6.86%, 5.78%, 4.22%... а тепер порівняйте зі своїми збігами. Тому тему ДНК тестування просувати максимально в Україні, а старшим родичам зробити ДНК тест вже зараза і ось чому .

Часто отримавши результат тесту для певного родича виникає запитання, чи може відповідати отримана кількість спільного ДНК даному родичу? Найкраще скористатись табличкою на сайті DNAPainter . Берете себе (SELF), і знаходите в таблиці відповідного родича, у комірці відображається середнє значення спільного ДНК, а також діапазон допустимих значень. Є ще така табличка

Поцуплено звідси Нижче зможете побачити як від різних предків успадковуєте різну частку, залежно від типу ДНК. Автосомна ДНК 22 пари автосомних хромосом. Отримується від обох батьків. Сегменти ДНК перетасовуються (кросинговер) перед передачею нащадку. Перекомбінування автосомних хромосом Y-ДНК Y-хромосома, одна з 46 хромосом. Є тільки в чоловіків. Передається від батька до сина в незмінному вигляді, за вийнятном незначних мутацій. Мітохондріальна ДНК Міститься у мітохондріях. Її мають як чоловіки, так і жінки, але своїм дітям передають її тільки жінки. X-ДНК Ці хромосоми мають як чоловіки так і жінки. Різниця в тому, що у чоловіків одна X-хромосома, а у жінки їх дві. Також по-різному їх успадковують чоловіки та жінки. Успадкування X-ДНК жінками Успадкування X-ДНК чоловіками Наприклад, я чоловік, у мене всього 181 сМ X-ДНК (у жінок 362 сМ - удвічі більше). У мене є збіг на GedMatch із спільним X-ДНК 23.8 сМ, тобто це приблизно 1/8 частка відповідно до діаграми це значно скорочує область...

Якщо купувати тести через посилання вказані нижче ви зможете отримати додаткову знижку у вигляді Кешбеку. MyHeritage Кешбек від ExtraBux Кешбек від TopCashBack FamilyTreeDna Кешбек від  ExtraBux Кешбек від  TopCashBack Ancestry Кешбек від  ExtraBux Кешбек від  TopCashBack

  Я сам не пробував, але інші користувачі пишуть, що можна відправляти тест у конверті як звичайний лист (не рекомендований!) з маркою за 75 в Німеччину - на адресу, вказану на конверті. Цитата : після обговорення теми доставки з Сєрьогою, я надіслав звичайним листом(який був в комплекті МХ, де адреса в Німеччині вказана). Марка - 75 гривень. Відправив Укрпоштою з відділення на "Атланті" 3 березня, навіть не вказавши зворотню адресу і відправника. 25 березня зразок був в лабораторії в сша. Ось чому рекомендовані прсилки повертаються навіть відправлені: Рекомендований лист вимагає підтвердження доставки (proof of delivery) - підпис отримувача. В поштовому відділенні в Гофхаймі знаходться абонентська скринька, орендована MyHeritage для подальшої пересилки в США, яка НЕ МОЖЕ ПОСТАВИТИ ПІДПИС, тому відправлення повертається. Повертається і в Україну і в усі інші країни тим, хто відправляв рекомендованим листом, а не простим. Детальна інформація, як замовити тест .

 

Я вже писав , як побудувати карту збіженців і зібрати дані з сайту MyHeritage. Скрипт , що малює карту збіженців також експортує їх у вигляді графу matches.gexf . Його можна відкрити у безкоштовному додату GEPHI і працювати як з графом. Отже, ви витягнули збіженців із сайту MyHeritage, виконали скрип і завантажили на локальний комп'ютер файл matches.gexf, а також інсталювали і запустили саму програму GEPHI. Відкрийте ваш matches.gexf, при цьому зніміть галку "Auto-scale": GEPHI покаже ось таку кашу. Щоб виглядало гарніше, виберіть одне з можливих розташувань графа, найкращий layout для графа збіженців буде схема "Fruchterman Reingold" Вже трохи кращий вигляд Далі можна відсіяти далеких збіженців, щоб легше було працювати з графом. Для цього потрібно Перетягнути в Queries фільтр "Topology/Degree Range" Натиснути кнопку Filter Перетягнути трішки нижню планку Граф стане більш читабельним Інші способи аналізу збіженців у GEPHI (англійською мовою)

 Уявимо ситуацію, що є людина, якої ми не можемо зробити тест ДНК. Наприклад людина вже померла. Але є її кілька родичів, для яким ми маємо ДНК тестів результати. Потрібно визначити скільки відсотків ДНК людини ми можемо відновити за ДНК її родичів. Формула буде наступною C=1 - П(1-xi), де xi - це теоретична спільна ДНК ш-ї людини. П - це добуток значень. Теоретичну спільну ДНК ми можемо знайти взявши теоретичну середню кількість спільного ДНК для певного ступеня спорідненості з сайту DNA Painter  і щоб cM перевести у % потрібно скористатись формулою p=s/(2*M), де M=3487 - константа. Отже маємо людину, для якої не маємо тесту ДНК і її родичів: сина(50%), доньку(50%), племінника(25%), тоді у нас є можливість відновити 81.24% ДНК цієї людини. Приклади розрахунків у Google Spreadshee t (можете зробити копію і внести свої дані) У GedMatch є інструмент Lazarus , який дозволяє відновити ДНК людини за ДНК її родичів. 

 

 Взято з проєкту Ukrainian DNA В багатьох учасників групи виникають труднощі із заповненням власного аккаунту, особливо серед тих, хто нещодавно зробив трансфер результатів до FTDNA з іншої компанії, не знає англійської або просто ще не розібрався з інтерфейсом FTDNA. В налаштуваннях вашого аккаунту є сторінка Genealogy: https://www.familytreedna.com/my/genealogy Там має бути 3 вкладки: 1. Family Tree (Сімейне дерево) . Якщо ви маєте дерево на MyHeritage, то на цій сторінці обов’язково варто його прив’язати до вашого аккаунту. Посилання на це дерево буде видно у списку збігів, і ваші ДНК-збіженці можуть одразу на нього перейти і дізнатися більше інформації. 2. Surnames (Прізвища) . На цій вкладці потрібно додати всі відомі прізвища з вашого дерева та пов’язані з ними локації. Найкраще у кожний рядок таблиці додавати лише по одному прізвищу однією мовою за раз. Варіації написання або переклади одного і того самого прізвища варто додавати лише окремими рядками! Не варто перелічув...

Ймовірність того, що певний збіженець є родичем за прямими батьківськими лініями з вами приблизно залежить від значення спільного ДНК в сантиморганах. Чим ближчий родич, ти більша така ймовірність. Доречі, всі ці міркування вірні і якщо брати прямі материнські лінії, але для простоти будемо говорити тут про батьківські. На цьому зображенні всі блакитні люди - родичі за прямими батьківськими лініями, чоловіки з цієї групи мають спільну з вами Y-гаплогрупу. Всі рожеві люди - родичі за прямими материнськими лініями і всі вони (чоловіки і жінки) мають спільну з вами Mt-гаплогрупу. P(x) - це така ймовірність, вона вираховується за формулою: M - константа, число спільного ДНК між дитиною і батьком/матір'ю. Наприклад для 40 сМ наша ймовірність буде 1.16% . Знаючи формулу ймовірності можемо порахувати скільки всього приблизно серед ваших збіженців таких, з ким ви пов'язані батьківськими лініями. Для цього нам потрібно знати загальну кількість збіженців ( N ) та розмір медіального ...

 У більшості випадків відповідь проста: обирайте MyHeritage . Це найпопулярніший і найдоступніший автосомний ДНК-тест. Вони підримують українськомовний, зручний додаток, найбільша база українських користувачів і найкращий функціонал для роботи зі збігами. Замовлення і доставка — прості й доступні. Проте є випадок, коли Family Finder може бути стратегічно вигіднішим. Якщо ви тестуєте літнього родича-чоловіка без синів, краще взяти саме його. Чому? Бо в майбутньому ви, ймовірно, захочете зробити тест Y-хромосоми — для вивчення чоловічої лінії. І якщо зразок уже збережений у FTDNA, можна буде просто замовити апгрейд — без повторного забору, який пізніше може бути неможливим. (До речі, не варто купувати Family Finder дорожче за $49 — розпродажі трапляються регулярно.  Були розпродажі за $39 ) Порада: якщо вже маєте тест Family Finder — перенесіть результат на MyHeritage. Це безкоштовно і дасть доступ до ширшої бази збігів, не втрачаючи функціоналу FTDNA. І ще одне — дол...

Я помітив, що серед нормальних збігів, які видає алгоритм MyHeritage є збіги, які ні в тин, ні в ворота (НТНВ). У мене це навіть спостерігається серед найтоповіших збігів. Маю два моїх тести на MyHeritage, один зроблений у них, інший перенесений з AncestryDna. Ось наприклад мій найбільший збіг у рідному MyHeritage тесті - фін. Але його в тесті перенесеному з Ancestry немає взагалі! Виходить, що явно алгоритм бреше, або він бреше, що це мій великий збіг, або для іншого тесту той же алгоритм бреше, що ця людина вазагалі мені не збіг. Таких НТНВ у мене в першій десятці не один, причому деякі з них мають чудові дерева, часто це або якісь шведо-фіни, або американці.... ніяк їхніх предків з нашою місцевістю зв'язати не можна. Якщо взяти перенесений тест з Ancestry і подивитись найбільший збіг, то щоб ви думали? ТАК! Його взагалі нема у рідному тесті! Тепер подивимось з іншого боку. Родичі, які мали б показатись, MyHeritage не показує. Два приклади. Приклад 1. Є двоє людей, знаю достеменн...

Цей пост — для тих, хто досліджує свій родовід. Майже кожен із нас колись шкодував, що не встиг розпитати бабусю чи дідуся, коли ще можна було. Що не зберіг фото, документи, спогади… З ДНК так само. 🔹 Часто при дослідженнях родоводу настає момент, коли метричні книги, ревізії чи архіви відсутні або мають пробіли . Саме ДНК-тестування може дати відповіді там, де документи вже безсилі. 🔹 ДНК — це не просто інструмент для пошуку родичів. Це унікальний і, по суті, єдиний спосіб зберегти частинку людини назавжди. Це пам’ять — не у вигляді речей, а у вигляді самої суті людини. У майбутньому цей зразок може допомогти зрозуміти глибше і себе, і свою родину. 🔹 Зараз, можливо, результат не вразить. Але тест, зроблений сьогодні старшим родичам , через 5-10 років стане цінною частиною великої мозаїки — коли зростуть бази, з’являться нові інструменти й буде "бум" ДНК-досліджень. Сьогодні це може здаватися не надто важливим, а вже за кілька років буде пізно. 🔹 Добра новина — зараз т...

Завжди корисно чоловікам, дослідникам свого родоводу, знати свою Y-гаплогрупу. Вона завжди передається від батька до сина. Найчастіше разом з прізвищем, часто з місцем проживання і т.п.. Один раз на 3-4 такі передачі виникає мутація у Y-гаплогрупі. Це тільки ті мутації, які здатний виявити тест Big Y. Ці мутації дозволяють зрозуміти вік, коли жив найближчий предок з вашою гаплогрупою, а такожи зрозіміти, коли чоловічі лінії розійшлися з вашими збігами. Якщо є автосомний тест, можна завдяки ньому визначити Y-гаплогрупу високого рівня . Та завжди хочеться знати більш точну гаплогрупу, як це робить тест Big Y. Великим недоліком цього тесту є його висока вартість. Він коштує 449$, часом бувають розпродажі за 379$ , що всеодно дорого. Адже Big Y тестує аж 500 тис SNP та 700 STR. Теоретично існує альтернатива тесту Big Y, це панелі від YSeq . Відразу скажу, що я сам з цим не стикався, не впевнений, як ті тести доходять до України і т.п. Але вони дозволяють визначити термінальну гаплогрупу пр...

Сучасні автосомні тести від MyHeritage, AncestryDna чи Family Finder від FamilyTreeDna містять результати тестування не тільки 22 пар автосомних хромосом, але й частково тестують Х та Y хромосоми. Наприклад тест MyHeritage містить близько 3 тис SNP з Y хромосоми (порівняйте з Big Y, який тестує бл. 500 тис SNP). Це дозволяє визначити чоловічу Y-гаплогрупу верхнього рівня. Якщо перенести тест MyHeritage чи AncestryDna і зробити анлок (ціна 19$, часто розпродається за ціною 9$), тоді FamilyTreeDna зробить предікт вашої гаплогрупи. Безкоштовно можна зробити предікт тут Morleydna Predict  - видає доволі загальну гаплогупу Clade Finder від YSeq

 Оцінимо середню кількість живих родичів із спорідненістю більше 100 сМ для середньостатистичної людини, залежно від віку. Як бачимо, через 150 років після народження людини існую близько 200 живих людей (які потенційно можуть зробити ДНК тест) з близкістю більше 100 сМ. Розрахунки в Google Spreadsheet

  MyHeritage Автосомний тест -  29$ , чорна п'ятниця 2024 Частіше розпродають за ціною 33$ Звичайна ціна 89$ Анлок для перенесених тестів з інших платформ - безкоштовно , березень 2025 Звичайна ціна 29$ FamilyTreeDna Big-Y - 379$ , березень 2025 Часті розпродажі за ціною 399$ Звичайна ціна 449$ Family Finder - 39$ , березень 2025 Часто розпродають за ціною 49$ Звичайна ціна 79$ Безкоштовний анлок (можливість визначити Y-гаплогрупу) - безкоштовно , березень 2025 Часто розпродають за ціною 9$ Звичайна ціна 19$ AncestryDna Автосомний тест - часто розпродають 39$ (рекомендую при цьому додатково за 1$ купити тримісячну передплату їх сервісу), березень 2025 Колись давно роздавали безкоштовно, набирали базу. Але навряд чи така акція повториться Звичайна ціна 99$

Нехай потрібно оцінити скільки потрібно мати збіжеців, щоб принаймні 2 з них мали не менше 60 сМ, якщо на даний момент у мене всі збіженці зі спільною ДНК менше 60 сМ. Розрахунки робляться на основі збігів MyHeritage. Знайдемо функцію F(x) - частка збіженців із спільною ДНК >= x. Наприклад F(8)=1 бо 100% збіженців на MyHeritage мають спільну ДНК не менше ніж 8 сМ. Зі своїх збігів для різних відсотків я зібрав мінімальну кількість спільного ДНК і вийшов ось такий результат. Для розрахунків я використовую дуже зручний інструмент Desmos . Зверніть увагу, що при цих вибірках потрібно відкидати близьких родичів, яких ви самі протестували, інакше картинка буде необ'єктивною. Ця вибірка добре апроксимується Логістичною регресією і дає хороші результати при малих значеннях x , менше 30 сМ, проте гірше працює для оцінки вищих спільних ДНК, які нам потрібні. Щоб це вирішити ми будемо логарифмувати x . Я взяв 12 точок, на практиці ж достатньо взяти точку (8, 1) - яка завжди однакова (д...

Це кількість n-кузенів, залежно від віддаленості у середньостатистичної людини ( На основі даних AncestryDNA, для британців )

  Картинку взято звідси . Нова мутація у У хромосомі виникає приблизно кожні 3-4 покоління. Це мова тільки про ті мутиції, які здатен виявити Big-Y від FTDNA. Тобто в чоловічій лінії кожні 3-4 покоління виникає нова термінальна гаплогрупа. Big-Y тестує бл. 500 тис SNP із 15-20 млн баз (зелені зони). Насправді ж кожен чоловік має приблизно 2 нові мутації в Y хромосомі. Тобто Big-Y виявляє тільки частину з реальних мутацій.

  Хочу поділитись і своїм досвідом тестування на Ancestry та порівняти із MyHeritage. Перш за все, що потрібно розуміти про Ancestry - у них дуже велика база протестованих, найбільша серед усіх компаній. Хоч і перенести туди тест неможливо, там всі протестовані ними ж. Але якщо на MyHeritage протестовано багато людей з України та сусідніх країн, то на Ancestry будуть в основному нащадки мігрантів в США, Канаду, Британію. Коштує тест Ancestry 99$, але вони часто влаштовують розпродажі, тому варто дочекатись ціни 39$. Замовлення і віпдравку робив за інструкцією з цієї групи - чудово працює і для Ancestry. Особливого виграшу я не очікував у порівнянні з MyHeritage, бо з України там мало тестується людей. Насправді ж, за рахунок значно більшої бази, я отимав майже стільки ж збігів, як і на MyHeritage. Якщо на MyHeritage у мене найбільший збіг був 49 сМ, то в Ancesty є на 82 та 59 сМ. І це при тому, що MyHeritage враховує сегменти від 6 сМ, тоді як Ancestry від 8 сМ. Тому на Ancestry ...