Перейти до основного вмісту

Візуалізація графа збіженців у GEPHI

Я вже писав, як побудувати карту збіженців і зібрати дані з сайту MyHeritage. Скрипт, що малює карту збіженців також експортує їх у вигляді графу matches.gexf. Його можна відкрити у безкоштовному додату GEPHI і працювати як з графом.

Отже, ви витягнули збіженців із сайту MyHeritage, виконали скрип і завантажили на локальний комп'ютер файл matches.gexf, а також інсталювали і запустили саму програму GEPHI.

Відкрийте ваш matches.gexf, при цьому зніміть галку "Auto-scale":


GEPHI покаже ось таку кашу. Щоб виглядало гарніше, виберіть одне з можливих розташувань графа, найкращий layout для графа збіженців буде схема "Fruchterman Reingold"


Вже трохи кращий вигляд


Далі можна відсіяти далеких збіженців, щоб легше було працювати з графом. Для цього потрібно

  1. Перетягнути в Queries фільтр "Topology/Degree Range"
  2. Натиснути кнопку Filter
  3. Перетягнути трішки нижню планку
  4. Граф стане більш читабельним


Інші способи аналізу збіженців у GEPHI (англійською мовою)

Мітки:

Коментарі

Дописати коментар

Популярні дописи з цього блогу

Швидкий старт у генеалогії: як дослідити своїх предків на прикладі Володимирського повіту

Цікавитесь своїм родоводом, але не знаєте, з чого почати? Розпочати генеалогічне дослідження простіше, ніж здається! Особливо якщо ваші предки були з Володимирського повіту на Волині. Ось покрокова інструкція, яка допоможе вам зробити перші впевнені кроки 👣 1. 📌 Почніть з розпитувань у родині Поговоріть з рідними, особливо зі старшими. Дізнайтеся: Імена ваших предків (бабусь, дідусів, прадідів) Де вони жили? Якого були віросповідання? У яку церкву ходили? Ці прості питання допоможуть вам визначити парафію , до якої належали ваші предки. 2. 🗺 Знайдіть свою парафію Парафія — це ключ до церковних записів. Для її пошуку скористайтесь: 🗺 Карта парафій Волині : tinyurl.com/ua-parishes 3. 📄 Перевірте сповідні відомості Це надзвичайно корисний ресурс! 📘  Довідник сповідних відомостей Володимирського повіту :  tinyurl.com/volodymyr-spovidky У багатьох парафіях Волині різного часу відбувались переписи всіх прихожан . Там можна знайти: Склад родини Вік ...
Дописати коментар
Докладніше

MDS карта збіженців

Пропоную вашій увазі спосіб розміщення збіженців в системі координат. Використовується метод Multidimensional Scaling з бібліотеки sklearn. Аналогічно, як у Ancient Origins карта генетичних відстаней у МyHeritage, тільки тут показують зв'язки між вами і збіженцями. Що можна сказати про це представлення Ви знаходитесь у центрі координат (оранжева крапка) Можна задати одного зі своїх батьків (або когось з близьких родичів цих батьків), і відстань до нього (наприклад 1.0 - одне покоління для когось з батьків), наприклад це буде мати. Тоді мати буде в точці (1;0) З великою натяжкою можна стверджувати, що права половина точок - збіги пов'язані з матір'ю, а ліва половина з батьком. В реальності це представлення є неближенням, тому в реальності межа може бути трохи іншою (див нижче приклад для мого випадку)  В системі координат 4 квадранти і кожен з них (приблизно) може відповідати комусь із ваших дідусів-бабусь Теоретично можна побудувати 3-вимірне (чи навіть більше представлен...
Дописати коментар
Докладніше

Ймовірність зв'язку зі збіженцем через прямі батьківські лінії

Ймовірність того, що певний збіженець є родичем за прямими батьківськими лініями з вами приблизно залежить від значення спільного ДНК в сантиморганах. Чим ближчий родич, ти більша така ймовірність. Доречі, всі ці міркування вірні і якщо брати прямі материнські лінії, але для простоти будемо говорити тут про батьківські. На цьому зображенні всі блакитні люди - родичі за прямими батьківськими лініями, чоловіки з цієї групи мають спільну з вами Y-гаплогрупу. Всі рожеві люди - родичі за прямими материнськими лініями і всі вони (чоловіки і жінки) мають спільну з вами Mt-гаплогрупу. P(x) - це така ймовірність, вона вираховується за формулою: M - константа, число спільного ДНК між дитиною і батьком/матір'ю. Наприклад для 40 сМ наша ймовірність буде 1.16% . Знаючи формулу ймовірності можемо порахувати скільки всього приблизно серед ваших збіженців таких, з ким ви пов'язані батьківськими лініями. Для цього нам потрібно знати загальну кількість збіженців ( N ) та розмір медіального ...
1 коментар
Докладніше