Блог про ДНК Тести

У генетичній генеалогії для вивчення чоловічої лінії роду (тобто по батькові, як передається прізвище) використовуються Y-ДНК тести. Але тут виникає питання: що таке STR і SNP , і чим вони відрізняються? А головне — як ці дані допомагають нам досліджувати походження? Що таке STR? STR (Short Tandem Repeats) — це короткі ділянки ДНК, які повторюються, наприклад: GATA GATA GATA GATA → 4 повтори Кількість таких повторів може трохи змінюватись з поколіннями. Саме цю змінність використовують у Y-STR тестах , таких як: Y-37 Y-67 Y-111 (на FamilyTreeDNA) STR-маркери змінюються частіше , тому STR-тестування добре підходить для: пошуку близьких родичів по чоловічій лінії (на відстані 5–10 поколінь) об'єднання людей в родові гілки перевірки чи два чоловіки з однаковим прізвищем справді є родичами ➡️ Приклад : У вас і ще одного чоловіка з тим самим прізвищем збігається 36 із 37 STR-маркерів — ймовірно, у вас спільний предок десь 5–8 поколінь тому. 🔹 Що таке SNP? SNP ...

Буває, що люди роками чекають оновлення своєї гаплогрупи. Просто сидять і сподіваються: ну коли ж хтось із “родичів по Y-ДНК” нарешті протестується? Але бувають і приємні сюрпризи. Хочу описати свій випадок, коли я отримав відносно близькі збіги по тесту BigY ще навіть до того, як мій власний результат був готовий. Найцікавіше - мій наближчий  збіг, це Юрій (насправді цим всім займається його донька, але буду для простоти посилатись саме на нього). Виявились, що ми не тільки обидва з однєї фейсбук-групи  Cпільна ДНК , а ще й одночасно здавали тест. Ну і вишенька на торті - ми  живемо в одному місті Києві. Навіть не віриться, враховуючи, що наша чоловіча лінія походить з Польщі. На додачу, у цьому пості я покажу на своїх живих прикладах, як змінюється публічне дерево гаплогруп, як з'являються нові гілки, як уточнюється їх вік, як до гаплогруп додаються нові люди. Але давайте по-порядку. Спочатку я зробив Unlock для перенесеного з MyHeritage до  FTDNA автосомного тесту...

  Незаштриховані блакитні лінії (обведені зеленим) позначають зв'язок між двома субкладами, друга з яких є безпосереднім нащадком першої, виходячи з поточного публічного дерева. Блакитна штрихова лінія показує (обведено рожевим), що кілька субклад було пропущено для ясності.

Взято звідси Може комусь знадобиться інформація щодо пояснення префіксів деяких сніпів (SNP), наприклад  CTS 10228,  S 20602,  FGC 6213,  SK 2141, etc... A = Thomas Krahn, MSc (Dipl.-Ing.), YSEQ.net, Berlin, Germany ACT = Ancient-Tales Institute of Anthropology, Enlighten BioTech Co., Ltd., Shanghai, China AD = Dr. Mohammed Al Sharija, Ministry of Education (Kuwait) AF = Fernando Mendez, Ph.D., University of Arizona, Tucson, Arizona ALK = Ahmad Al Khuraiji AM or AMM = Laboratory of Forensic Genetics and Molecular Archaeology, UZ Leuven, Leuven, Belgium B = Estonian Genome Centre BY = Big Y testing (next generation sequencing) discovered with the BigY-500, Family Tree DNA, Houston, Texas BZ = Q-M242 Project, Family Tree DNA, Houston, TX. SNPs named in honor of Barry Zwick. CTS = Chris Tyler-Smith, Ph.D., The Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, England DC = Dál Cais, an Irish group believed to be descended from Cas, b. CE 347, related to SNP R-L226; Dennis Wright...

 Ми вже писали, які бувають види ДНК та як ми їх успадковуємо. Сьогодні більш детально про відмінності між Y-ДНК та mt-ДНК та їх відповідні гаплогрупи. Ось які в них відмінності

 

Ймовірність того, що певний збіженець є родичем за прямими батьківськими лініями з вами приблизно залежить від значення спільного ДНК в сантиморганах. Чим ближчий родич, ти більша така ймовірність. Доречі, всі ці міркування вірні і якщо брати прямі материнські лінії, але для простоти будемо говорити тут про батьківські. На цьому зображенні всі блакитні люди - родичі за прямими батьківськими лініями, чоловіки з цієї групи мають спільну з вами Y-гаплогрупу. Всі рожеві люди - родичі за прямими материнськими лініями і всі вони (чоловіки і жінки) мають спільну з вами Mt-гаплогрупу. P(x) - це така ймовірність, вона вираховується за формулою: M - константа, число спільного ДНК між дитиною і батьком/матір'ю. Наприклад для 40 сМ наша ймовірність буде 1.16% . Знаючи формулу ймовірності можемо порахувати скільки всього приблизно серед ваших збіженців таких, з ким ви пов'язані батьківськими лініями. Для цього нам потрібно знати загальну кількість збіженців ( N ) та розмір медіального ...

Завжди корисно чоловікам, дослідникам свого родоводу, знати свою Y-гаплогрупу. Вона завжди передається від батька до сина. Найчастіше разом з прізвищем, часто з місцем проживання і т.п.. Один раз на 3-4 такі передачі виникає мутація у Y-гаплогрупі. Це тільки ті мутації, які здатний виявити тест Big Y. Ці мутації дозволяють зрозуміти вік, коли жив найближчий предок з вашою гаплогрупою, а такожи зрозіміти, коли чоловічі лінії розійшлися з вашими збігами. Якщо є автосомний тест, можна завдяки ньому визначити Y-гаплогрупу високого рівня . Та завжди хочеться знати більш точну гаплогрупу, як це робить тест Big Y. Великим недоліком цього тесту є його висока вартість. Він коштує 449$, часом бувають розпродажі за 379$ , що всеодно дорого. Адже Big Y тестує аж 500 тис SNP та 700 STR. Теоретично існує альтернатива тесту Big Y, це панелі від YSeq . Відразу скажу, що я сам з цим не стикався, не впевнений, як ті тести доходять до України і т.п. Але вони дозволяють визначити термінальну гаплогрупу пр...

Сучасні автосомні тести від MyHeritage, AncestryDna чи Family Finder від FamilyTreeDna містять результати тестування не тільки 22 пар автосомних хромосом, але й частково тестують Х та Y хромосоми. Наприклад тест MyHeritage містить близько 3 тис SNP з Y хромосоми (порівняйте з Big Y, який тестує бл. 500 тис SNP). Це дозволяє визначити чоловічу Y-гаплогрупу верхнього рівня. Найкраще гаплогрупу з автосомного тесту визначає FamilyTreeDna. Якщо у вас від них автосомний тест Family Finder відносно новий, то він вже має показувати гаплогрупу. Для перенесеног тесту з іншої платформи потрібно зробити Unlock, щоб отримати всі функції, в тому числі дізнатись гаплогрупу. Безкоштовно можна зробити предікт тут Morleydna Predict  - видає доволі загальну гаплогупу Clade Finder від YSeq  - теж занадто узагальнена субклада

  Картинку взято звідси . Нова мутація у У хромосомі виникає приблизно кожні 3-4 покоління. Це мова тільки про ті мутиції, які здатен виявити Big-Y від FTDNA. Тобто в чоловічій лінії кожні 3-4 покоління виникає нова термінальна гаплогрупа. Big-Y тестує бл. 500 тис SNP із 15-20 млн баз (зелені зони). Насправді ж кожен чоловік має приблизно 2 нові мутації в Y хромосомі. Тобто Big-Y виявляє тільки частину з реальних мутацій.