Блог про ДНК Тести

 Уявимо ситуацію, що є людина, якої ми не можемо зробити тест ДНК. Наприклад людина вже померла. Але є її кілька родичів, для яким ми маємо ДНК тестів результати. Потрібно визначити скільки відсотків ДНК людини ми можемо відновити за ДНК її родичів. Формула буде наступною C=1 - П(1-xi), де xi - це теоретична спільна ДНК ш-ї людини. П - це добуток значень. Теоретичну спільну ДНК ми можемо знайти взявши теоретичну середню кількість спільного ДНК для певного ступеня спорідненості з сайту DNA Painter  і щоб cM перевести у % потрібно скористатись формулою p=s/(2*M), де M=3487 - константа. Отже маємо людину, для якої не маємо тесту ДНК і її родичів: сина(50%), доньку(50%), племінника(25%), тоді у нас є можливість відновити 81.24% ДНК цієї людини. Приклади розрахунків у Google Spreadshee t (можете зробити копію і внести свої дані) У GedMatch є інструмент Lazarus , який дозволяє відновити ДНК людини за ДНК її родичів. 

Ймовірність того, що певний збіженець є родичем за прямими батьківськими лініями з вами приблизно залежить від значення спільного ДНК в сантиморганах. Чим ближчий родич, ти більша така ймовірність. Доречі, всі ці міркування вірні і якщо брати прямі материнські лінії, але для простоти будемо говорити тут про батьківські. На цьому зображенні всі блакитні люди - родичі за прямими батьківськими лініями, чоловіки з цієї групи мають спільну з вами Y-гаплогрупу. Всі рожеві люди - родичі за прямими материнськими лініями і всі вони (чоловіки і жінки) мають спільну з вами Mt-гаплогрупу. P(x) - це така ймовірність, вона вираховується за формулою: M - константа, число спільного ДНК між дитиною і батьком/матір'ю. Наприклад для 40 сМ наша ймовірність буде 1.16% . Знаючи формулу ймовірності можемо порахувати скільки всього приблизно серед ваших збіженців таких, з ким ви пов'язані батьківськими лініями. Для цього нам потрібно знати загальну кількість збіженців ( N ) та розмір медіального ...

 Оцінимо середню кількість живих родичів із спорідненістю більше 100 сМ для середньостатистичної людини, залежно від віку. Як бачимо, через 150 років після народження людини існую близько 200 живих людей (які потенційно можуть зробити ДНК тест) з близкістю більше 100 сМ. Розрахунки в Google Spreadsheet

Нехай потрібно оцінити скільки потрібно мати збіжеців, щоб принаймні 2 з них мали не менше 60 сМ, якщо на даний момент у мене всі збіженці зі спільною ДНК менше 60 сМ. Розрахунки робляться на основі збігів MyHeritage. Знайдемо функцію F(x) - частка збіженців із спільною ДНК >= x. Наприклад F(8)=1 бо 100% збіженців на MyHeritage мають спільну ДНК не менше ніж 8 сМ. Зі своїх збігів для різних відсотків я зібрав мінімальну кількість спільного ДНК і вийшов ось такий результат. Для розрахунків я використовую дуже зручний інструмент Desmos . Зверніть увагу, що при цих вибірках потрібно відкидати близьких родичів, яких ви самі протестували, інакше картинка буде необ'єктивною. Ця вибірка добре апроксимується Логістичною регресією і дає хороші результати при малих значеннях x , менше 30 сМ, проте гірше працює для оцінки вищих спільних ДНК, які нам потрібні. Щоб це вирішити ми будемо логарифмувати x . Я взяв 12 точок, на практиці ж достатньо взяти точку (8, 1) - яка завжди однакова (д...

Це кількість n-кузенів, залежно від віддаленості у середньостатистичної людини ( На основі даних AncestryDNA, для британців )