Блог. ДНК Генеалогія

 Бувають випадки, коли людина одночасно споріднена з вами двома різними способами. Порахуємо математичне сподівання спільного ДНК в сМ. Наприклад відомо, що людина є одночасно дитиною 4-рідного брата ( 3C1R) та 5-рідної сестри (4C1R). Знаходимо середні значення спільного ДНК для цих спорідненостей з таблички DNAPainter . Вони 48 та 28 сМ відповідно. Калькулятор підрахував, що сумарне значення буде майже 76 сМ Формула така m = M*(1 - П(1-ci/M)) M - константа, максимальна довжина ДНК, беремо 3500 ci - окремі реферативні значення спільної ДНК Калькулятор тут, можете зробити свою копію і внести свої дані

 

Ось зафіксував розподіл збіженців за країнами у травні 2024 та порівняв через рік. Всі підросли, всі молодці (крім самі знаєте кого). Збіженців з України виросло на чверть. Але найбільше, з відчутним відривом підросло число збіженців з Польщі. Треба сказати, що серед збіженців з Польщі було багато українців. Видно, що США вже сильно покрите тестами, потенціал для зростання знижується. А от для України потенціал ще дуже великий. Потрібно агітувати інших та тестувати старших людей. На даний момент можна купити тести MyHeritage за ціною $29.7 (врахована знижка -10%), та ще й до цього отримати додаткову знижку через кешбек.

 Ось, щоб було розуміння, яка велика різниця, коли у нас в Україні дуже мало людей зробили ДНК тест у порівнянні зі США, наприклад. Є популярна Facebook група DNA Detectives , 250К користувачів, в групі люди один одному допомагають розгадувати різні ДНК загадки, типу знайти біологічних батьків і тому подібне. Ось як тестування виглядає для рандомного американця: Шукає людина біологічного батька, зробила ДНК тест на 23&me і найбільші ДНК збіги (тільки з боку ймовірного батька) 12.44%, 7.38%, 6.86%, 5.78%, 4.22%... а тепер порівняйте зі своїми збігами. Тому тему ДНК тестування просувати максимально в Україні, а старшим родичам зробити ДНК тест вже зараза і ось чому .

Часто отримавши результат тесту для певного родича виникає запитання, чи може відповідати отримана кількість спільного ДНК даному родичу? Найкраще скористатись табличкою на сайті DNAPainter . Берете себе (SELF), і знаходите в таблиці відповідного родича, у комірці відображається середнє значення спільного ДНК, а також діапазон допустимих значень. Є ще така табличка

Я вже писав , як побудувати карту збіженців і зібрати дані з сайту MyHeritage. Скрипт , що малює карту збіженців також експортує їх у вигляді графу matches.gexf . Його можна відкрити у безкоштовному додату GEPHI і працювати як з графом. Отже, ви витягнули збіженців із сайту MyHeritage, виконали скрип і завантажили на локальний комп'ютер файл matches.gexf, а також інсталювали і запустили саму програму GEPHI. Відкрийте ваш matches.gexf, при цьому зніміть галку "Auto-scale": GEPHI покаже ось таку кашу. Щоб виглядало гарніше, виберіть одне з можливих розташувань графа, найкращий layout для графа збіженців буде схема "Fruchterman Reingold" Вже трохи кращий вигляд Далі можна відсіяти далеких збіженців, щоб легше було працювати з графом. Для цього потрібно Перетягнути в Queries фільтр "Topology/Degree Range" Натиснути кнопку Filter Перетягнути трішки нижню планку Граф стане більш читабельним Інші способи аналізу збіженців у GEPHI (англійською мовою)

Я помітив, що серед нормальних збігів, які видає алгоритм MyHeritage є збіги, які ні в тин, ні в ворота (НТНВ). У мене це навіть спостерігається серед найтоповіших збігів. Маю два моїх тести на MyHeritage, один зроблений у них, інший перенесений з AncestryDna. Ось наприклад мій найбільший збіг у рідному MyHeritage тесті - фін. Але його в тесті перенесеному з Ancestry немає взагалі! Виходить, що явно алгоритм бреше, або він бреше, що це мій великий збіг, або для іншого тесту той же алгоритм бреше, що ця людина вазагалі мені не збіг. Таких НТНВ у мене в першій десятці не один, причому деякі з них мають чудові дерева, часто це або якісь шведо-фіни, або американці.... ніяк їхніх предків з нашою місцевістю зв'язати не можна. Якщо взяти перенесений тест з Ancestry і подивитись найбільший збіг, то щоб ви думали? ТАК! Його взагалі нема у рідному тесті! Тепер подивимось з іншого боку. Родичі, які мали б показатись, MyHeritage не показує. Два приклади. Приклад 1. Є двоє людей, знаю достеменн...

 Оцінимо середню кількість живих родичів із спорідненістю більше 100 сМ для середньостатистичної людини, залежно від віку. Як бачимо, через 150 років після народження людини існую близько 200 живих людей (які потенційно можуть зробити ДНК тест) з близкістю більше 100 сМ. Розрахунки в Google Spreadsheet

Нехай потрібно оцінити скільки потрібно мати збіжеців, щоб принаймні 2 з них мали не менше 60 сМ, якщо на даний момент у мене всі збіженці зі спільною ДНК менше 60 сМ. Розрахунки робляться на основі збігів MyHeritage. Знайдемо функцію F(x) - частка збіженців із спільною ДНК >= x. Наприклад F(8)=1 бо 100% збіженців на MyHeritage мають спільну ДНК не менше ніж 8 сМ. Зі своїх збігів для різних відсотків я зібрав мінімальну кількість спільного ДНК і вийшов ось такий результат. Для розрахунків я використовую дуже зручний інструмент Desmos . Зверніть увагу, що при цих вибірках потрібно відкидати близьких родичів, яких ви самі протестували, інакше картинка буде необ'єктивною. Ця вибірка добре апроксимується Логістичною регресією і дає хороші результати при малих значеннях x , менше 30 сМ, проте гірше працює для оцінки вищих спільних ДНК, які нам потрібні. Щоб це вирішити ми будемо логарифмувати x . Я взяв 12 точок, на практиці ж достатньо взяти точку (8, 1) - яка завжди однакова (д...

Пропоную вашій увазі спосіб розміщення збіженців в системі координат. Використовується метод Multidimensional Scaling з бібліотеки sklearn. Аналогічно, як у Ancient Origins карта генетичних відстаней у МyHeritage, тільки тут показують зв'язки між вами і збіженцями. Що можна сказати про це представлення Ви знаходитесь у центрі координат (оранжева крапка) Можна задати одного зі своїх батьків (або когось з близьких родичів цих батьків), і відстань до нього (наприклад 1.0 - одне покоління для когось з батьків), наприклад це буде мати. Тоді мати буде в точці (1;0) З великою натяжкою можна стверджувати, що права половина точок - збіги пов'язані з матір'ю, а ліва половина з батьком. В реальності це представлення є неближенням, тому в реальності межа може бути трохи іншою (див нижче приклад для мого випадку)  В системі координат 4 квадранти і кожен з них (приблизно) може відповідати комусь із ваших дідусів-бабусь Теоретично можна побудувати 3-вимірне (чи навіть більше представлен...