Блог. ДНК Генеалогія

Ось зафіксував розподіл збіженців за країнами у травні 2024 та порівняв через рік. Всі підросли, всі молодці (крім самі знаєте кого). Збіженців з України виросло на чверть. Але найбільше, з відчутним відривом підросло число збіженців з Польщі. Треба сказати, що серед збіженців з Польщі було багато українців. Видно, що США вже сильно покрите тестами, потенціал для зростання знижується. А от для України потенціал ще дуже великий. Потрібно агітувати інших та тестувати старших людей. На даний момент можна купити тести MyHeritage за ціною $29.7 (врахована знижка -10%), та ще й до цього отримати додаткову знижку через кешбек.

Поцуплено звідси Нижче зможете побачити як від різних предків успадковуєте різну частку, залежно від типу ДНК. Автосомна ДНК 22 пари автосомних хромосом. Отримується від обох батьків. Сегменти ДНК перетасовуються (кросинговер) перед передачею нащадку. Перекомбінування автосомних хромосом Y-ДНК Y-хромосома, одна з 46 хромосом. Є тільки в чоловіків. Передається від батька до сина в незмінному вигляді, за вийнятном незначних мутацій. Мітохондріальна ДНК Міститься у мітохондріях. Її мають як чоловіки, так і жінки, але своїм дітям передають її тільки жінки. X-ДНК Ці хромосоми мають як чоловіки так і жінки. Різниця в тому, що у чоловіків одна X-хромосома, а у жінки їх дві. Також по-різному їх успадковують чоловіки та жінки. Успадкування X-ДНК жінками Успадкування X-ДНК чоловіками Наприклад, я чоловік, у мене всього 181 сМ X-ДНК (у жінок 362 сМ - удвічі більше). У мене є збіг на GedMatch із спільним X-ДНК 23.8 сМ, тобто це приблизно 1/8 частка відповідно до діаграми це значно скорочує область...

 

Я вже писав , як побудувати карту збіженців і зібрати дані з сайту MyHeritage. Скрипт , що малює карту збіженців також експортує їх у вигляді графу matches.gexf . Його можна відкрити у безкоштовному додату GEPHI і працювати як з графом. Отже, ви витягнули збіженців із сайту MyHeritage, виконали скрип і завантажили на локальний комп'ютер файл matches.gexf, а також інсталювали і запустили саму програму GEPHI. Відкрийте ваш matches.gexf, при цьому зніміть галку "Auto-scale": GEPHI покаже ось таку кашу. Щоб виглядало гарніше, виберіть одне з можливих розташувань графа, найкращий layout для графа збіженців буде схема "Fruchterman Reingold" Вже трохи кращий вигляд Далі можна відсіяти далеких збіженців, щоб легше було працювати з графом. Для цього потрібно Перетягнути в Queries фільтр "Topology/Degree Range" Натиснути кнопку Filter Перетягнути трішки нижню планку Граф стане більш читабельним Інші способи аналізу збіженців у GEPHI (англійською мовою)

Пропоную вашій увазі спосіб розміщення збіженців в системі координат. Використовується метод Multidimensional Scaling з бібліотеки sklearn. Аналогічно, як у Ancient Origins карта генетичних відстаней у МyHeritage, тільки тут показують зв'язки між вами і збіженцями. Що можна сказати про це представлення Ви знаходитесь у центрі координат (оранжева крапка) Можна задати одного зі своїх батьків (або когось з близьких родичів цих батьків), і відстань до нього (наприклад 1.0 - одне покоління для когось з батьків), наприклад це буде мати. Тоді мати буде в точці (1;0) З великою натяжкою можна стверджувати, що права половина точок - збіги пов'язані з матір'ю, а ліва половина з батьком. В реальності це представлення є неближенням, тому в реальності межа може бути трохи іншою (див нижче приклад для мого випадку)  В системі координат 4 квадранти і кожен з них (приблизно) може відповідати комусь із ваших дідусів-бабусь Теоретично можна побудувати 3-вимірне (чи навіть більше представлен...